İTHAL AYÇİÇEĞİ (Helianthus annuus L.) TOHUMLARINDA Plasmopara halstedii (Farl.)Berl. & De Toni)’ NİN VARLIĞININ MOLEKÜLER YÖNTEMLERLE ARAŞTIRILMASI


Creative Commons License

Yılmaz G., Tosun N.

Ege Üniversitesi Ziraat Fakültesi Dergisi, cilt.55, ss.211-220, 2018 (Hakemli Üniversite Dergisi)

  • Cilt numarası: 55 Konu: 2
  • Basım Tarihi: 2018
  • Dergi Adı: Ege Üniversitesi Ziraat Fakültesi Dergisi
  • Sayfa Sayıları: ss.211-220

Özet

Özet

Tohum kaynaklı olan ve tohumla taşınabilen etmenlerin hızlı tanılanması ve bunların kontrol altına alınması sağlıklı bir ürün elde etmenin ilk aşamasını oluşturmaktadır. Bu çalışmanın amacı, ithalat aşamasında analiz şartı olan tohum kaynaklı Plasmopara halstedii (Farl.) Berl. & De Toni)’nin ayçiçeği tohumundaki varlığının klasik yöntemlere göre çok daha avantajlı moleküler yöntemler kullanılarak optimizasyonunun gerçekleştirilmesidir. Klasik PCR (agaroz jel elektroforez) ile ilgili hesaplamaları EPPO Standart Protokolleri Appendix 2 ve Real Time PCR (hidroliz probları) ile ilgili hesaplamalar ise EPPO Standart Protokolleri Appendix 3 referans alınarak optimize edilmiştir. Ayrıca, EPPO Standart Protokollerinde yer almayan Real time PCR (SyberGreen) çalışmasında ise, SyberGreen Mastermix kit protokolü esas alınarak optimize edilmiştir. Böylece, ülkemiz karantina laboratuarları içerisinde her üç moleküler protokülün daha uygulanabilir olması sağlanmıştır. Ayrıca, bu optimizasyon ile etmenin ayçiçeği tohumundan direkt tespitine yönelik ilk moleküler çalışma da ülkemiz karantina laboratuarında gerçekleştirilmiştir.

Anahtar sözcükler: Plasmopara halstedii, ayçiçeği (Helianthus annuus), PCR, hidroliz probları, optimizasyon.

Abstract

The fact that rapid diagnosing of especially seed-borne pathogens and their control is the first step to obtain healthy crop. The aims of the study were to optimize the analyzing methods in detecting presence of Plasmopara halstedii (Farl.) Berl. & De Toni requiring analysis at the time of importation in the sunflower seed using current molecular methods that were much more advantageous than that of classical methods. Calculations related to classical PCR (agarose gel electrophoresis) were optimized by referring to Appendix 2 of the EPPO Standard Protocols while those related to real-time PCR (the hydrolyze probes) were optimized by referring to Appendix 3 of the EPPO Standard Protocols. Moreover, SyberGreen Mastermix Kit protocol was used for optimization for the study of real-time PCR (SyberGreen) that is not present in the EPPO Standard Protocols. Thus, it was provided that all three molecular protocols were confirmed for better applicable and practical ways for the quarantine laboratories in our country. Furthermore, the first molecular study for direct detection of the agent from sunflower seed through this optimization was conducted in quarantine laboratories of Turkey.

Key words: Plasmopara halstedii, sunflower (Helianthus annuus), PCR, hydrolysis probes, optimization.