ÖZ Amaç: Bu araştırmanın amacı 2008-2009 yılları arasında pamuk üretiminin yoğun yapıldığı Akdeniz (Hatay) ve Ege (Söke) Bölgelerindeki fide kök çürüklüğü (çökerten) hastalık etmenlerinin yaygınlık oranlarını saptamak ve bu hastalığa karşı denenen farklı tohum fungisitlerinin hastalık üzerindeki etkililiklerini belirlemektir. Materyal ve Metot: Çökerten etmenleri ile bulaşık pamuk alanları, farklı aktif maddeli tohum fungisitleri ile Fiber Max çeşidine ait pamuk tohumları araştırmanın materyalini oluşturmaktadır. Fungisitlerle tohum ilaçlama makinasında ayrı ayrı uygulama yapılmış tohumlar her iki bölgede çiftçi koşullarında tarlalara ekilmiş ve 10. ve 20. gün hem sağlıklı hem de ölü bitkiler sayılarak istatistiksel olarak değerlendirilmiştir. Tarla denemeleri tesadüf blokları deneme desenine göre dört tekerrürlü olarak gerçekleştirilmiştir. Bulgular: Tarla denemelerinde fide kök çürüklüğü hastalığına karşı en etkili sonuçlar Hatay’da %84,3 ile metalaxyl-M 25 g/L+fludioxonil 10 g/L uygulamasından, Söke’de ise, %61,02 ile carboxin 205,9 g/L+thiram 205,9 g/L’nin 600 g/100 kg tohum dozuyla ilaçlanan tohumların ekildiği parsellerden elde edilmiştir. Ayrıca, en fazla sağlıklı bitki çıkışı yine söz konusu fungisitlerin kullanıldığı parsellerde gözlemlenmiştir. Sonuç: Bu çalışma ile denemede kullanılan metalaxyl-M 25 g/L+fludioxonil 10 g/L ve carboxin 205,9 g/L+thiram 205,9 g/L’nin 600 g/100 kg tohum dozu hastalıkla mücadelede çökerten hastalığına neden olan fungusların yaygınlıklarına göre ümitvar sonuçlar elde edilmiştir.