Ökaryot bir model organizmanın hücre döngüsü tabanlı gen düzenleyici dinamiği


Haliki E. , Kazancı N. , Alpagut Keskin N.

23. İstatistiksel Fizik Günleri, İstanbul, Türkiye, 23 - 24 Haziran 2016, ss.1

  • Basıldığı Şehir: İstanbul
  • Basıldığı Ülke: Türkiye
  • Sayfa Sayıları: ss.1

Özet

Gen düzenlenmesi ve düzenleyici ağların anlaşılması sayısal biyofizik ve karmaşıklığın önemli problemlerinden biridir. Gen düzenlenmesi, protein kodlayan genler olan DNA bölgelerinin dolaylı olarak etkileşmesi ve böylece birinin diğerinin ifade seviyesini yapılandırması ile meydana gelir. Ökaryotlardaki çoğu genin ifadesinin düzenlenmesi genellikle transkripsiyonel seviyede olur. Yapılan çalışma S. Cerevisiae(tomurcuklanma mayası) adlı ökaryot model organizmasının hücre döngüsü ağı ile gen düzenleyici dinamiğinin incelenmesini içermektedir. Gen düzenlenmesinde yer alan genlerin ifade seviyelerinin zamansal evrimlerini incelemek için Bool tipi ağ yaklaşımı kullanılmıştır. Simülasyonlar tomurcuklanma mayasının detaylı hücre döngüsü dinamiğinin küresel çekicisini göstermektedir. Hücre döngüsünün biyolojik izyolu ve mutasyonel sağlamlık incelenmiştir. Tomurcuklanma mayasının gen düzenleyici ağı ile yapılan sayısal hesaplamalar rasgele ağlar ile yapılanlar ile karşılaştırılmıştır.